Alumni-Preis 2017
Benjamin Lickert für seine Masterarbeit: "Global Langevin model of mutlidimensional biomolecular dynamics"
Benjamin Lickert
Betreuer: Prof. Dr. Gerhard Stock
Kurzzusammenfassung der Arbeit:
Die Betrachtung des dynamischen Verhaltens von Proteinen ist von entscheidender Bedeutung um deren Funktionalität zu verstehen. In dieser Arbeit wird eine praktische Methode zur Konstruktion eines analytisch definierten globalen Modelles der biomolekularen Dynamik vorgestellt. Dieser Ansatz nutzt ein "empirical valence bond"-artiges Modell zur Beschreibung der freien Energie und Resultate der datengetriebenen Langevin Gleichung um Reibungs- und Zufallskraft abzuleiten. Anhand von Molekulardynamiksimulationen dreier verschiedener Systeme, Alanin Dipeptid, Heptaalanin und Bakteriophage T4 Lysozyme, wird bewiesen, dass der Ansatz die Dynamiken der Referenzdaten reproduziert und dass er überaus geeignet ist um multidimensionale Systeme zu beschreiben. Für die betrachteten Systeme wird gezeigt, dass es ausreicht Reibungs- und Zufallskraft.